JARPAIIでは生態系のモニタリングを目的としており、従来のJARPAからの継続性を重視している。
このため、資試料の種類は従来同様に多岐にわたっており、大別すると、以下の6項目に集約される。
(1) 目視調査データ(クロミンククジラを含む大型鯨類を中心にした鯨類を記録する)
鯨群の発見位置、鯨種、発見群頭数、発見時水温、目視努力量などを記録
(2) 鯨体からの生物学的データ及び標本の採取(クロミンククジラ及びナガスクジラ)
系群、年齢、成熟、繁殖、栄養、汚染物質、性ホルモン、寄生虫などの各分野にわたる生物学的資・試料の収集
(3) 気象、海洋及び環境調査データ
天候、海氷、水温(XCTD、XBT及びCTDによる水温、塩分の鉛直分布、EPCSによる表層生物環境モニタリングを含む)、海上漂流物の観測、及び計量魚探による餌生物の分布と密度の測定
(4) バイオプシー採集
主としてシロナガスクジラ、ミナミセミクジラ、コセミクジラ、ナガスクジラ、イワシクジラ、クロミンククジラ、ザトウクジラ、マッコウクジラなどを対象として実施する。
(5) 写真撮影による自然標識記録
シロナガスクジラ、ミナミセミクジラ、ザトウクジラを対象として実施する。
(6) 衛星標識の装着
クロミンククジラ、シロナガスクジラ、ナガスクジラ、ザトウクジラ及びミナミセミクジラを対象として実施する。