第1は、南半球産ミンククジラの資源管理に必要な生物学的特性値の推定である。反捕鯨勢力は1970年代半ばから、商業捕鯨のモラトリアムを実現するために科学小委員会において徹底的に批判する攻撃を展開してきたが、その1つが自然死亡率などの生物学的特性値とその推定方法に対してである。生物学的特性値の多くは、クジラの年齢情報が基礎となっている。クジラの年齢推定には耳垢栓などの年齢形質を採集する必要があり、そのためにはクジラを捕獲する必要がある。反捕鯨科学者は、年齢査定方法について攻撃し、商業捕鯨で捕獲された個体からの年齢情報から得られる生物学的特性値の推定値の不確かさを攻めてきた。

商業捕鯨モラトリアムが本会議で採択されてから、日本は科学小委員会で論議の中心となっていた南半球産ミンククジラについて、年齢依存の自然死亡率などの生物学的特性値を推定することを主目的の1つとする鯨類捕獲調査の計画を策定した。

捕獲調査計画の設計にあたっては、資源から無作為な標本を採取する調査方式が検討され、2回の予備調査の結果を踏まえて、さらなる改良を加えた調査方式によって1989/90年代から本格調査が進められている。

第2の目的は、南極海の生態系の中で鯨類の果たす役割の実証である。南極海生態系は比較的単純で研究しやすく、鯨類はこの生態系の大きな構成要素の一員であり、食物連鎖の最高位に位置している。また、南極海生態系の解明は国際的な関心も高い。従って、鯨類の南極海生態系で果たす役割を実証する調査は、国際的に大きな貢献をすることにもなる。

この目的のために、目視調査によって南極海における各種鯨類の現存量を把握する等の調査が設計された。環境変化が鯨類に与える影響の解明が、1995/96年の調査から主目的の1つに加えられている。