北西北太平洋ミンククジラ捕獲調査は、北西北太平洋ミンククジラ捕獲調査運営協議会の下で計画の立案及び解析が行われ、調査実施主体である財団法人日本鯨類研究所が共同船舶株式会社の乗組員と船舶を用船して調査を実施する水産庁の補助事業です。この運営協議会は、同計画の立案者でもある畑中寛元遠洋水産研究所所長が議長として、水産庁遠洋水産研究所、財団法人日本鯨類研究所などの研究機関に、水産庁及び共同船舶のメンバーから官民一体となって1994年に発足した組織であります。

●調査組織

下記のような組織によって調査が実施されています。

●目視・採集部： 母船ブリッジに常駐し、各標本採集船からの報告を纏めて船団の行動を記録し、調査団長の指示の下に今後の行動を指示する。さらに、海洋気象情報の収集と海況予想を行う。また、標本採集船では、記録担当調査員と運行担当調査員がそれぞれ分担して、採集船の調査活動記録（目視記録、努力量記録、天候記録など）である。また、捕獲対象鯨を無作為に選定も行う。

●生物調査部： 母船甲板上で採集鯨体への生物調査を実施する。捕獲鯨体に対する諸生物調査の実施と標本及びデータの管理を担当する。

●副産物生産部： 生物調査が円滑に実施されるように支援し、生物調査以後の鯨体処理及び副産物の管理・保管を行っている。また、生物調査における組織重量測定の実施も同部署が担当している。