対象となる海域から広く標本を収集するために、事前に調査コースを設定して目視調査を行いながら確認された鯨群からサンプリングを行います。

●目視調査

目視調査は標本採集船で行っていますが、船のマストの上にあるかごに3名の観察者（トップマンと言います）が主要な探索を行います。さらに、船のブリッジの上（アッパーブリッジ）では、船長・砲手・操舵手の他に（記録担当）調査員が配置についており、探索を行うとともに、発見された鯨群までの操船と観察記録をとっています。また、この後方には鯨探機を操作する鯨探室があり、その上部にも２から３名が探索を手伝っています。

●調査コースは、事前に設計された調査コースと比較的発見の多い海域を対象とした特別調査の２種類があります。北西北太平洋はミンククジラにとっては北上の途上の海域であるために、南極海で見られるようなパックアイス付近での高密度海域は存在していません（これらの海域は、北太平洋ではオホーツク海北部やベーリング海北部などの外国の領海内にあるものと推定されます）。調査には３隻の標本採集船が用船され、各船の調査コースは、上述した方法で決めたコースの左右６マイルの間隔で平行に引かれています。下の写真は母船のレーダーから見える各採集船の相対位置と進路を示しています。

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●これら３隻の標本採集船は、その行動を逐一調査母船に報告をして、その後の行動の指示を受けます。また、採集された鯨体標本の母船への渡鯨のタイミング、漁具の補給や食料・水の補給などの調整も母船で纏めています。調査団長は母船のブリッジでその指揮を執ります。

●渡鯨： 採集された鯨体標本は、直ちに母船に収容して、生物学的な調査に伏されます。これには鮮度を要求される調査項目が含まれるため、短時間に渡鯨が行われます。渡鯨は母船の後方に渡鯨用のワイヤーを流して、採集船がこれに鯨体を括りつけて、母船側がこれを引き上げるといった方法で、伝統的な方法が採用されています。

母船の後方に回る標本採集船（第１８利丸）、白色のブリッジの下の舷側に採集した鯨体標本がワイヤーで括りつけてあります。

渡鯨を終えて調査コースに復帰する標本採集船