●1995年
　1994年の結果を受けて、1995年は標本数の確保と分布の年変動も併せて検討することを目的として、再度９海区の調査を行うこととなり、同年６月９日から８月22日にかけて１隻の採集船の増船及び調査方法の一部改良を行って調査を実施した。この年は、好天に恵まれ、十分な調査活動の下で目標とした100頭の標本を採集することに成功した。また、これらの標本の解析から得られた結果は、前年に示唆された結果を支持するものであり、1996年のIWC/SCにおいて開催された北太平洋ミンククジラ運用試行に関する作業部会においてこれらの結果を報告して高い評価を受けている。

●1996年
この結果を受けて、日本国政府は沖合域でのＷ系群の存在の可能性は小さく結論に近い結果が得られたと判断し、第３回の調査（1996年）では、Ｏ系群における亜系群の可能性を検証にすることを主目的として、対象海域を日本周辺の海域（７海区、８海区及び11海区）とした。しかしながら、沖合域である７海区東側及び８海区ではミンククジラの来遊時期が当初予想された時期より早く北上しており、また、この年は梅雨前線が停滞したため長期間にわたって雨ガスとなるなどの悪条件が重なって、十分な調査活動が行うことができず、沖合い域ではわずかに17頭の標本を収集するに終わった。このため、当初は1997年に実施を計画していた11海区の調査を先行実施することとなり、８月 日から23日にかけて調査を行って30頭の標本を収集した。 これらの鯨体標本の分析結果から、太平洋側の７区及び８海区ではこれまでの結果と同様にＯ系群であることが再確認され、また北海道のオホーツク海沿岸域である11海区では、これまで４月にＯ系群とＪ系群が混合していることが知られていたが、今回の調査から夏季である８月にも混合のあることが明らかとなった。また、太平洋の沖合い域では夏季にサンマが餌生物として重要な位置を占めていたが、11海区ではアミ類が、また７区西側ではサンマに加えてスケトウダラやアミ類なども消費しており、海域によって利用する餌生物が異なることが明らかになるなどの新しい知見が得られた。

●1997年
　1996年に開催されたIWC/SCの作業部会では、夏期調査から９海区ではＷ系群の存在を示唆する結果が得られていないことが合意されたが、来遊初期にあたる４月から５月の時期の分布状況が不明であるために、Ｗ系群が無いとの結論までには至らなかった。この疑問に答える為に、1997年の第４回調査では、５月から６月に９海区の調査を行って78頭の標本を収集し、また７海区東側及び８海区からの追加標本（22頭）の収集にも成功した。これらの分析結果は、現在解析が進められており、結論はこれらの解析作業をまたなければならないが、現在までのところ遺伝学や数種の生物学的特性値などの比較からはこれまでと同様にＷ系群の存在を示唆する結果は得られていない。

●1998年
1998年調査はＯ系群の夏期における主要な分布域であるオホーツク海（12海区）の調査を計画したが、12海区の大部分を領海として宣言しているロシアからの入域が未だ許可されないことから、1998年調査ではこれまでの調査から標本が不足している７海区東側（７Ｅ）及び８海区西側（８Ｗ）の調査に重点を置いて、北上回遊途上にあたる春から初夏までの期間（５月から６月）に調査を行って標本を確保するとともに、11海区におけるＯ系群とＪ系群の混合の実態をより明らかにするため、これまで標本が十分に収集されていない７月に調査を行うことを計画して、調査が開始された。その結果、予想以上に多数のミンククジラが７Ｅ及び８Ｗ海区に分布しており、同海域から100頭の標本を収集し、調査を終了した。